Como todo software de código abierto, las ERP open source sufren de desventajas que llevan a las empresas a pensarlo antes de utilizar un software ERP open source. En un articulo anterior, se comentaban las ventajas de utilizar una solución ERP de código abierto, y es conveniente señalar también las desventajas.

Estos son los argumentos, más comunes, en oposición al software ERP de código abierto:

1. A pesar de que el software es libre, esto no significa del todo libre. Definitivamente que se necesita que algunos empleados aprendan el código fuente del software de código abierto para que puedan, crear / modificar los módulos, dar capacitación, mantener y apoyar el software. Estos trabajos adicionales hacen que el costo total de propiedad sea mayor que un software comercial similar.

2. Actualizaciones, las cuales dependerán del proyecto.  El ERP de código abierto, tal vez, obtenga actualizaciones en períodos anunciados o imprevistos. Varios cambios pueden venir con documentación completa, y algunos pueden no presentar la documentación en absoluto. Obviamente, se necesita recursos para probarlo antes de desplegar estas actualizaciones a los usuarios. Puesto que el software es suyo, usted tiene que mantener la versión de software por sí mismo. Usted debe tener la documentación completa sobre la misma. Esto hará que el departamento de TI se vuelve más complejo.

3. Puede ser difícil obtener apoyo, aunque hay algunas comunidades de código abierto que dan un gran apoyo a los ERP. Estas se basan, principalmente, en foros y grupos para ayudar solventar problemas, ya que no encontrará ningún sitio de soporte oficial o teléfonos para llamar.

4. La mejora de un producto ERP de código abierto es, por lo general, más lento que el comercial. Existe la percepción de que el software Open Source para negocios es mucho más lento para agregar nuevas características que se necesitan.

5. Longevidad de cada proyecto. Varios proyectos de código abierto continúan recibiendo apoyo, así como ofreciendo actualizaciones durante años y otros no reciben fondos. A pesar de que todavía se puede operar con el software en su estado actual, hay que tener en cuenta que el proyecto probablemente no tendrá una vida útil, como la de su negocio. Si el proyecto se para o muere, es probable que tenga que cambiar el software, o correr el riesgo de trabajar con software desactualizado.

6. Ninguna garantía de que el software libre permanecerá libre. El software de código abierto no sera necesariamente abierto para siempre. Hay historial de software que ha sido abierto y luego ha pasado a ser cerrado.

Como se puede notar, el número de desventajas es algo mayor que el de ventajas. Esto no significa que no es recomendable el uso de aplicaciones ERP open source o que las soluciones ERP comerciales son mejores. Realmente, depende de tu situación y condición. Por ejemplo, si se puede conseguir un buen número de recursos en el desarrollo de software es, más probable, el elegir software ERP de código abierto.

Sin embargo, antes de elegir entre una solución ERP comercial o de código abierto, es necesario  determinar las necesidades y requerimientos claves de su negocio clave. Luego se procede a elegir el software que puede cumplir estos requerimientos.